m Jahr 2015 kommt der 14-jährige Schüler Shinji Ikari, der nach dem Tod seiner Mutter Yui bei einem Lehrer aufgewachsen ist, auf Wunsch seines Vaters GendM nach Neo Tokyo-3. Er soll hier als sogenanntes Children die Steuerung der Evangelion-Einheit 01 übernehmen und gegen die Engel kämpfen, die die Menschheit bedrohen. Aufgrund des sehr distanzierten Verhältnisses zu seinem Vater wird Shinji der NERV-Offizierin Misato Katsuragi anvertraut, bei der er auch wohnt.

Die Eingewöhnung in seine neue Umgebung ist für Shinji mühsam. Rei Ayanami, die Pilotin des Evangelion-Prototypen Einheit 00, mit der er zusammen die Schule besucht, scheint nur zu seinem Vater eine engere Beziehung zu haben und ist allen anderen Menschen gegenüber sehr verschlossen. Auch zu anderen Schülern und Schülerinnen kann Shinji nur schwer Kontakte knüpfen. Als er, ohnehin an seiner Befähigung zum Piloten zweifelnd, von seinem Mitschüler TMji Suzuhara geschlagen wird, weil dessen kleine Schwester bei Shinjis erstem Einsatz schwer verletzt wurde, will er NERV und Neo Tokyo-3 verlassen. Kurz vor seiner Abreise kann er jedoch von TMji und dessen Freund Kensuke Aida von der Wichtigkeit seiner Aufgabe als EVA-Pilot überzeugt werden und bleibt.