Fate/stay night begleitet zwei Wochen lang das Leben von Emiya ShirM, einem Schüler der Homurabara Gakuen Schule in Fuyuki City. Vor 10 Jahren starben seine Eltern in einem Feuerinferno dass beinahe auch ihn getötet hätte und einen Teil der Stadt komplett zerstört hat. ShirM wurde damals von Kiritsugu Emiya gerettet und adoptiert. In einer mondbeschienenen Nacht haben die beiden eine Diskussion auf der Veranda bei der ShirM erfährt, dass sein "Vater", Kiritsugu, ein Magier ist.